Weil Sie in einer anderen Ortschaft wohnen, sollte Wahrscheinlichkeit sehr gering sein, dass Ihre Eltern vom Kirchenaustritt erfahren. Die Religionszugehörigkeit ist grundsätzlich Privatsache und es gibt deshalb aus Datenschutzgründen keine offiziellen Mitteilungen ausserhalb der zuständigen Ämter (primär Einwohnerregister, Steueramt).
Auch auf kirchlichen Wegen ist ein "durchsickern" eigentlich unzulässig und unwahrscheinlich. Wenn Sie in Ihrem Kirchenaustritts-Brief der Taufort nicht angegeben (Angabe des Tauforts ist keine Bedingung für den Kirchenaustritt), wird auch die Taufpfarrei wohl nichts vom Austritt erfahren. Wohnt man aber im gleichen Haushalt zusammen, muss man damit rechnen, dass der Kirchenaustritt nicht dauerhaft verborgen bleiben wird.
Wenn Sie sich ohnehin unverändert als Christ gläubig sehen, dann dürfte das Konfliktpotenzial ebenfalls geringer sein. Oft steht der Kirchenaustritt lediglich im Zusammenhang mit der Kirchensteuer* und weniger mit einer unmittelbaren Abwendung vom Christentum. Die Kirchen haben kein Monopol auf Gott und die Kirche, der christliche Glaube steht allen Menschen offen, auch ohne Kirchenmitgliedschaft.
* Ob und wie hoch die Kirchenmitgliedschaft besteuert werden soll, ist nicht nur heute ein kontrovers diskutiertes Thema, auch die Tempelsteuer vor 2000 Jahren (als damalige Kirchensteuer) war schon umstritten. Jesus kritisierte mehrfach in Jerusalem die Geldabhängigkeiten im und um den Tempel. Allerdings bezahlte schliesslich auch Jesus (damals noch Jude, der das Judentum reformieren wollte) die Tempelsteuer, um einen Skandal zu vermeiden. Paulus (welcher mit seiner Missionstätigkeit erheblich dazu beigetragen hat die Basis für die Römisch-katholische Kirche zu schaffen) sprach sich im 2. Korintherbrief klar dagegen aus, mit dem Wort Gottes Geschäfte machen. Global gesehen werden die christlichen Kirchen heute tatsächlich zum grössten Teil durch freiwillige Zuwendungen finanziert, ein Kirchensteuer-System wie in der Schweiz gibt es ausser bei uns nur in Deutschland und in Österreich.